在《轩辕剑格斗版》中，玩家们将扮演一位肩负重任的驱魔少年，历经千辛万苦遍寻世界的每一个角落，集齐散落在世间各地的七把神器，前往天之痕对抗入侵的魔族。
不料，在途中少年却遇到了一位头戴面具手持轩辕剑的魔王护法，在费力打碎其面具之后，少年却发现此人正是天女画像中的轩辕黄帝！满腹疑惑的少年后经天女协助唤醒昏迷的轩辕黄帝，从黄帝口中得知，原来魔族的入侵背后却与天界有着千丝万缕的关系！
少年虽不知天界的阴谋用意，但是当下的首要任务还是要打败魔王封印魔界入口。于是，驱魔少年和宇文拓等人进入魔界，借助上古十大神器的力量布下失却之阵，一举击败了魔王！然而，魔王在临死前却透露出一个惊天秘密：少年与魔王不过是天界手中的棋子，破坏天界的好事终将承受天界的怒火。当少年和宇文拓一行人想封印天之痕时，天界之门却在这时出现……
