游戏中的剧情关卡从“黄巾起义”开始逐步推进，每一个大的剧情关卡分为普通与精英两种难度，每种难度下包含八个小剧情关卡，只有将普通模式下的关卡全部通关才能解锁精英关卡以及下一个大的历史关卡。
当玩家选择挑战一个关卡后，会进入盟友选择界面，系统会为玩家列出一定数量的基友玩家和陌生玩家，玩家可自主选择其中一人参战，有几位实力强劲好基友是挑战高难度关卡的捷径喔。
选择了参战盟友，将进入布阵界面，阵型分为前军、中军、后军，每一军阵三个位置。前军位置会强化所属武将防御 10%，中军位置会强化所属武将防御 5%、伤害 5%，后军位置会强化所属武将伤害 10%，好的布阵将使不同武将的特性得到进一步提升。
关卡过关后，有一定几率掉落装备、武将魂魄、宝箱、转生道具。同一关卡的普通难度与精英难度所掉落物品将有所不同，并且精英难度下会产出高价值物品。
当通关了一个副本之后，就可以选择“扫荡”秒刷副本快速获得经验，当然越高等级的关卡所提供的经验值越多。小编友情提醒一下，在《神指三国》中所能上阵的武将数量是和主公统御力挂钩的哦，每次升级都会提升统御力，所以为了能上阵更多的武将，要抓紧多打关卡升级喔！
通关卡时，有不少小诀窍呢，及时地释放武将技能，快速地画出手势指令，判断是用三阶手势还是一阶手势，有时候能直接关乎你是否能通过此关卡。《神指三国》关卡中的奥义一言难尽，玩家说不定还能发现连小编都不知道秘籍哦，赶快来游戏中试试吧！
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